Poznáme dvanásť základných génov, ktoré ovplyvňujú zafarbenie srsti psa:

Locus A:

V locuse A je séria alel, ktorá určuje množstvo a rozmiestnenie tmavého (čierneho, hnedého) pigmentu v srsti.

• As dominantný gén, nadradený všetkým ostatným alelám, dovoľuje rozmiestnenie tmavého pigmentu v srsti po celom tele (čierna doga, hnedý pudel).
• ay obmedzuje výskyt tmavého pigmentu a vytvára žlté zafarbenie rôznej sýtosti (akita, shiba, žltá doga). Šteňatá sa rodia tmavšie, často s čiernym pruhom na chrbte. Niektorí autori uvádzajú túto alelu tiež ako dominantnú, teda Ay – je to ale nelogické. Pokiaľ by v locuse A boli dve dominantné alely, naviac pre najrozšírenejšie zafarbenie (As pre čiernu a Ay pre žltú), ako by potom vyzeral výsledok spojenia čierneho partnera so žltým? Chovateľské pokusy jasne dokazujú, že žltá farba je proti celočiernej recesívna.
• aw divoké, vlkošedé zafarbenie (nemecký vlčiak, vlčí špic)
• as sedlové zafarbenie – čiastočne dominantné nad at, vyvoláva dve zafarbenia – tmavé (čierne, hnedé) so žltými znakmi, pričom tmavá farba je obmedzená len na sedlo na chrbáte. Celá hlava a zvyšok tela je žltý s rozličnou sýtosťou (erdel, velšteriér).
• at umožňuje dve zafarbenia – tmavé a žlté – tak, že je väčšiina tela tmavá a na hlave je žltá obmedzená len na bodky nad očami a oblasť okolo tlamy (doberman, jazvečík, shiba). Chovateľské pokusy u niektorých plemien ukazujú, že na alelu at pôsobia niektoré modifikačné faktory (polygény?), ktoré vyvolávajú tzv. grizzle zafarbenie u saluky alebo domino u afgánov. Nie je vylúčené, že aj typické zafarbenie tváre aljašských malamutov a sibírskych husky je rovnakého pôvodu.
• a recesívna alela popísaná u nemeckého vlčiaka a nórskeho elkhounda, vytvára v súčinosti s génom B (teda aaBB) čiernych jedincov, recesívnych voči všetkým ostatným farbám.

Locus B:

• B dominantná alela, ktorá dovoľuje vznik čierneho pigmentu na tele psa.
• b recesívna alela, ktorá vzniku čierneho pigmentu bráni a v homozygotnom stave bb vyvoláva hnedý pigment a hnedé zafarbenie nosa a srsti.

Locus C:

V locuse C sú alely, ktoré predovšetkým pôsobia na intenzitu žltej farby. Žltá farba má popri strakatosti najväčšiu variabilitu, od opticky takmer bielej až po tmavo mahagónovú (írsky seter). Vzájomnými vzťahmi alel v tomto locuse a pôsobením ďalších faktorov sa zaoberalo mnoho bádateľov. Z ich prác a z chovateľskej praxe vyplývajú nasledujúce závislosti.

• C umožňuje sýte zafarbenie predovšetkým žltej farby.
• cch pôsobí na žltý pigment a zosvetľuje ho opticky až na takmer bielu (čiernostrieborný fúzač, čuvač). O existencii tejto alely nie sú mnohí bádatelia presvedčení a najnovšie výskumy ukazujú, že je viac pravdepodobné, že miesto jedného génu pôsobí zosvetľovanie žltej farby skupina polygénov. Pre prehľadnosť budeme ale v ďalšom texte toto Littlove označenie použivať, či už je podklad zosvetlenia jednoduchý (jedna alela cch) alebo zložitejší (skupina polygénov).
• ce pôsobí mimoriadne zriedenie žltej farby a veľmi svetlé, dravčí oko.
• ca vloha pre úplný albinizmus, kedy nie je na tele psa žiadny pigment, oči sú červené.

Okrem uvedených alel, ktoré boli v locuse C popísané bádateľmi a experimentálne overené chovateľmi, existuje aj množstvo ďalších faktorov, ktoré sa na žltom zafarbení srsti psa podieľajú. Predovšetkým sú to už zmienené polygény, nazvané "rufus", ktoré ovlivňujú zosvetľovanie žltej farby. Z praxe je známe, že sýtosť žltého zafarbenia veľmi kolíše a že je ťažké dosiahnuť žiadúci odtieň. Výsledky výskumu sa od seba natoľko líšia, že je ťažké jednoznačne povedať, ako to v skutočnosti so vzájomným pôsobením všetkých faktorov vlastne je. Vzhľadom k tomu, že nie je známe, že by dvaja svetlejší jedinci priviedli na svet sýto žltého potomka, predpokladáme, že Littlove zistenia o recesivite génov pre zosvetlenie žltej farby sú správne. Rufus gény ovplyvňujú aj sýtosť čiernej farby – predpokladáme ich pôsobenie pri znížení sýtosti zafarbenia sedla u erdela, lakelanda alebo vzniku matne čiernej (opticky hnedočiernej) farby u šarpejov.

Skupina polygénov nazývaných "umbrous" dovoľuje vznik takzvaného sobolieho zafarbenia (sable, sezam, činčila). Pôsobia na ay a vyvolávajú premiešanie žltých chlpov s čiernymi alebo zafarbenie špičiek žltých chlpov na čierno. Toto zafarbenie je veľmi efektné napríklad u salúk alebo tibetských španielov a naopak krajne nežiadúce u šarpejov. Chovateľsky je overené, že musia existovať aj dalšie modifikačné faktory, pôsobiace v locuse C. Ide o faktory pôsobiace tzv. "urajiro" zafarbenie, ktoré je známe napr. u salúk a priamo vyžadované štandardom pre akity a shiby. Ide v podstate o žltú variantu už spomenutého zafarbenia "grizzle" u chrtov. Jedinci s urajiro majú nad očami, okolo tlamy, na hrdle, prsiach, spodku chvosta a nôh veľmi svetlé, opticky až biele zafarbenie. Výsledky v chove ukazujú, že ide o recesívne faktory, ale bohužiaľ sa ich dedičnosťou doteraz nikto nezaoberal.

Locus D:

• D dominantná alela, účastná pri vzniku čierneho pigmentu.
• d recesívna alela, ktorá mení čierny pigment na modrý. Šteňatá sa už modré rodia (modrá doga)! Psy s týmto génom nemajú čierny nos, ale bridlicovo šedý (pokiaľ je gén v homozygotnej forme dd!) a ich oči sú tiež svetlejšie. Táto alela samozrejme pôsobí na čierny pigment aj u žltých psov, tí potom majú bridlicovo šedý nos a srsť nie je jasno žltá, ale pastelovo izabelová (taliansky chrtík, AST). V spolupráci s génom b (vo forme bb) vyvoláva strieborno šedé zafabenie, známe u weimarov a border kólií.

Locus E:

• E dovoľuje rozšírenie tmavého pigmentu v celej srsti.
• e obmedzuje vznik tmavého pigmentu v srsti a v homozygotnej forme ee mení čiernu farbu na citrónovo žltú. Šteňatá sa rodia jasno žlté bez náznaku čiernych chlpov po tele. Toto zafarbenie je väčšinou krajne nežiadúce, pretože pôsobí v chove mnoho problémov. Známe je u dalmatíncov (žlté bodky, ale čierny nos) alebo u "nepravých" aprikotov – pudlov so žltou srsťou, ale tiež čiernym nosom.
• ebr pôsobí žíhanie žltej srsti. Pokusy ukázali, že vloha pre žíhanie je skutočne recesívna, aj keď existujú autori, ktorí tvrdia, že ide o gén dominantný. K ich omylu došlo pravdepodobne preto, že aj žíhanie je veľmi variabilné. Známi jedinci, ktorí sú na pohľad čierni, ale pri bližšej prehliadke zistíme, že majú na tele niekoľko svetlejších chlpov, vzdialene naznačujúcich žíhanie (francúzsky buldoček, staf. bulteriér). Naopak sú aj takí jedinci, kde je žíhanie badateľné len na koži a v srsti len vo veľmi mladom veku. Postupom času sa zo srsti vytratí, srsť je jednoliato žltá a pre pokus je také zviera mylne počítané ako žlté bez žíhania (whippet, írsky vlkodav). Sýtosť žíhania je opäť ovplyvňovaná množstvom polygénov, ktorých presné vzťahy neboli doteraz dôkladne preskúmané.

V locuse E je popísaná aj existencia alely Em, nadradená všetkým ostatným, ktorá dáva vznik maske (čiernej, hnedej). Niektorí autori uvádzajú, že pri žltom zafarbení na základe ee sa maska nevyskytuje a že je to bezpečný spôsob, ako poznať "pravého" žltého jedince od nežiadúceho citrónového.

Locus G:

• G čiastočne dominatný gén, ktorý za spolupôsobenia iných génov mení šteňatá narodené ako tmavé (čierne, hnedé) na svetlé (šedé, svetlo kávové). Typickým príkladom je kerry blue teriér a český teriér.
• g recesívna alela, ktorá túto zmenu farby nepôsobí.

Locus M:

• M dominantný gén pôsobiaci vznik tzv. "merle" zafarbenia u kólií, jazvečíkov, niekedy pri dogách harlekýnov a ďalších plemien. Pes s týmto faktorom má po tele okrem tmavých škvŕn (čiernych, hnedých) tiež škvrny svetlé (šedé, kávové). Pokiaľ sa svetlá ocitne v oblasti oka, spôsobuje ju úbytok pigmentu v očnej dúhovke. Tento gén je letálny – šteňatá MM sa rodia mŕtve alebo veľmi rýchlo uhynú. Preto sa v chove radšej dvaja merle jedinci nespojujú.
• m recesívna alela, ktorá dovoľuje normálne zafarbenie.

Locus P:

• P ponecháva sýtosť farieb.
• p recesívna alela veľmi vzácne sa vyskytujúca. Bola popísaná predovšetkým u pekinézov, kde sa mení čierny pigment srsti na dymový a tmavé oko na ružové.

Locus R:

• R dominantný gén, ktorý spôsobuje tzv. roan zafarbenie, kedy je jeden chlp biely a jeden pigmentovaný. Bol objavený a popísaný u kokeršpanielov.
• r zmeny nespôsobuje.

Locus S:

• S dominantný gén, ktorý dovoľuje tmavé zafarbenie srsti na celom tele. Pokiaľ sa za jeho pôsobenia vyskytnú biele škvrny, je to len náhodný výskyt veľmi malých bielych plôch, zapríčinený tzv. prenikajúcim albinizmom. K takejto strate pigmentu u celofarebných plemien dochádza najčastejšie na prsiach a prstoch hrudných končatín.
• si recesívny gén dovoľujúci takzvané "írske zafarbenie", typické pre niektoré plemená (kólie, bulteriér). Pes s týmto génom v homozygotnej forme má bielu lysinu na hlave, biely golier rôznych šírok, biele ponožky a bielu špičku na chvoste.
• sp recesívna alela, ktorá vyvoláva väčší výskyt bielych škvŕn, tzv. pravú strakatosť. Rozsah farebných plôch je od 80 do 20% celkovej plochy tela.
• sw najnižšie postavená alela, ktorá dovoľuje ešte väčší rozsah bielych škvŕn. Farebných plôch je potom menej ako 20% povrchu tela alebo sa pigment obmedzí len na očné viečka a lem pyskov (sealyham teriér).

Všetky alely tohto locusu na seba vzájomne pôsobia a pri heterozygotných kombináciách vyvolávajú rôzne veľký rozsah bielych odznakov. Napríklad jedinec si si má menej bielej ako si sp alebo dokonca si sw atď.

Locus T:

Ovplyvňuje čistotu bielych plôch.

• T dominantná alela pôsobí bodkovanie bielych plôch.
• t recesívna alela ponecháva biele plochy čisté.

Podobne, ako niektoré štandardy požadujú biele plochy čisté (king Charles španiel), tak iné naopak bodkovanie vyžadujú (český strakatý pes, dalmatínec). U dalmatíncov sa dlho predpokladalo, že ide o odlišný gén, ktorý vyvoláva ich typické zafarbenie. Dnes už vieme, že ide skutočne o klasické bodkovanie T, ktoré chovatelia výberom rodičovských párov doviedli k takejto dokonalosti..

Locus W:

V tomto locuse sú umiestnené alely pre dominantné biele zafarbenie, ktoré sa vyskytuje len u niekoľkých plemien. Bádatelia tieto faktory objavili vďaka bulteriérom, u ktorých je biela farba dominantná nad farebnosťou.

• W spôsobuje biele zafarbenie srsti u bulteriérov.
• w ponecháva srsť farebnú.